Ukształtowanie powierzchni. Większość terytorium leży na obszarze wyżynnym; ponad 72% zajmują tereny o wysokości 300-800 m n.p.m., powyżej 800 m n.p.m. – 4%. Najwyżej położonym miejscem jest Śnieżka w sudeckich Karkonoszach (1602 m) na granicy z Polską, najniżej - dolina Łaby, w miejscu gdzie rzeka przekracza granicę z Niemcami (115 m n.p.m.). Ponad 90% powierzchni kraju stanowi Masyw Czeski, składający się z wyżynnej, centralnie położonej Kotliny Czeskiej i okalających ją niezbyt wysokich łańcuchów górskich. Od północnego wschodu rozciągają się najwyższe w Masywie Czeskim i najbardziej na północ wysunięte Sudety. Północno-zachodnie krańce stanowią Rudawy, które przechodzą w kierunku południowym w Las Czeski, a ten ostatni w Szumawę. Na wschodzie Masyw Czeski jest oddzielony wyraźnymi obniżeniami Bramy Morawskiej oraz kotlin Górnomorawskiej i Dyjsko-Svrateckiej (Podkarpacie Zachodnie) od pasm górskich Karpat Zachodnich: Beskidów Zachodnich, Jaworników i Białych Karpat. Północną część Kotliny Czeskiej zajmuje zapadlisko Niziny Połabskiej, część południową – wyżyny Berounki i Czesko-Morawska, której zachodnią częścią jest Wyżyna Środkowoczeska, a wschodnią – Wyżyna Drahańska. Obniżenie między Szumawą a Wyżyną Czesko-Morawską zajmują kotliny Budziejowicka i Trzebońska, rozdzielone Progiem Lisowskim. Oś Niziny Połabskiej stanowi dolina Łaby z kilkoma szerokimi tarasami. Nizinę urozmaicają nieliczne ostańcowe wzgórza kredowe i wulkaniczna Kunětická Hora (305 m n.p.m.) koło Pardubic. Najbardziej jest zróżnicowana południowo-wschodnia część – Prachovské skály, zwane też Czeskim Rajem lub Szwajcarią Czeską. Wyżyna Czesko-Morawska jest największą jednostką Masywu Czeskiego z maksymalną wysokością 837 m n.p.m. (Javořice). Wyżyna Berounki ma charakterystyczną rzeźbę rusztową; najwyżej położoną jej częścią są Brdy (Praha, 862 m n.p.m.), z największymi deniwelacjami w obrębie Kotliny Czeskiej (do 600 m). Szumawa charakteryzuje się dość rozległymi fragmentami prawierówni (tzw. płanie). Po stronie czeskiej najwyższym szczytem są Plechý (1378 m n.p.m.). Szumawa na północnym zachodzie przechodzi w Las Czeski. Najbardziej na północny zachód wysuniętą częścią Masywu Czeskiego są Rudawy; najwyższym szczytem jest Klínovec (1244 m n.p.m.). Od Kotliny Czeskiej są oddzielone uskokiem, stromo opadającym w kierunku doliny Ohrzy. Południowo-wschodnią część Rudaw stanowi wulkaniczne Średniogórze Czeskie. Północną i północno-wschodnią część Masywu Czeskiego stanowią, ograniczone wyraźnymi uskokami, zrębowe pasma Sudetów od Gór Łużyckich na zachodzie do Gór Odrzańskich na wschodzie. Najwyższą ich częścią jest masyw Karkonoszy.

Klimat. Klimat umiarkowany ciepły, w Masywie Czeskim i północnych Morawach, przejściowy między morskim a kontynentalnym, w górach odmiana górska. Ważnymi elementami kształtującymi klimat Czech jest ograniczenie napływu wilgotnego powietrza atlantyckiego z zachodu przez łańcuchy Rudaw i Sudetów, a od południowego zachodu przez Las Czeski i Szumawę oraz otwarcie na napływ chłodnego powietrza polarnego z północy w zimie przez Bramę Morawską (północno-wschodni wiatr – polak) i od południa przez Morawy – ciepłego powietrza zwrotnikowego wiosną i jesienią znad Europy Południowej przez Wielką Nizinę Węgierską. Na większości terytorium kraju (do wysokości 600 m n.p.m.) średnia temperatura w styczniu wynosi ok. -2°C, w lipcu ok. 18°C; w górach odpowiednio -8°C (Śnieżka), -7°C (Lysá Hora w Beskidach Morawsko-Śląskich) i od 8°C (Śnieżka) do 12°C (Lysá Hora). Sporadycznie temperatura maksymalna dochodzi do 38°C, a minimalna spada poniżej -33°C (w Czeskich Budziejowicach zanotowano -40°C). Liczba dni pogodnych w Czechach wynosi od 35 do 45 rocznie, a jedynie w południowych Morawach 50-60; najwięcej w sierpniu i wrześniu oraz marcu. Dni pochmurnych jest znacznie więcej – 140-160; występują głównie od listopada do marca. W obszarach szczególnie eksponowanych na wilgotne powietrze z zachodu (Szumawa, Sudety, Beskidy Morawsko-Śląskie) roczna suma opadów osiąga 800-1200 mm, na Śnieżce i Lysej Horze ponad 1500 mm; w Kotlinie Czeskiej wynosi 500-600 mm; większość od czerwca do sierpnia-września; w rejonie Pragi i Ostrawy od kwietnia-maja ; na dużych wysokościach także w listopadzie lub grudniu-styczniu. Roczna liczba dni z opadem wynosi 150-180, na Morawach 130. Pokrywa śnieżna utrzymuje się 30-50 dni, a  w wyższych partiach gór do 175 dni.

Wody. Czechy leżą w zlewisku trzech mórz: Północnego (65% powierzchni kraju), Czarnego (25%) i Bałtyckiego (10%). Główny europejski dział wodny, rozdzielający zlewiska Morza Bałtyckiego i Północnego od Morza Czarnego biegnie historyczną granicą Czech i Moraw. Sieć rzeczna jest dość dobrze rozwinięta, zwłaszcza w górach. W Sudetach mają źródła Łaba (Karkonosze) i Odra (Góry Odrzańskie). Rzeki mają zasilanie głównie śnieżne, częste są wahania stanów wody, zwłaszcza na Łabie, Wełtawie i Odrze, co niejednokrotnie bywa przyczyną groźnych powodzi. Do zlewiska Morza Północnego należy Łaba (w Czechach 370 km) z Wełtawą (430 km), Ohrzą i Izerą, do Morza Bałtyckiego – Odra z Opawą i Olzą, a do Morza Czarnego Morawa (uchodzi do Dunaju) z Dyją. W Czechach brak jest dużych naturalnych jezior. W Szumawie jest 5 niewielkich jezior polodowcowych, największe – Černé, ma zaledwie 0,2 km². Liczne są sztuczne zbiorniki retencyjne, m.in. Orlicki, Lipno I i Slapy na Wełtawie, Nechranicki na Ohrzy. W kotlinach Trzebońskiej i Budziejowickiej znajdują się duże kompleksy stawów hodowlanych. Występują liczne źródła mineralne, w tym cieplice, będące pozostałością po aktywnej działalności górotwórczej. Najbardziej znane źródła występują w Karlowych Warach (temperatura 73°C), Mariańskich Łaźniach, Franciszkowych Łaźniach, Podiebradach.