Ukształtowanie powierzchni. Około 96% powierzchni Japonii zajmują cztery duże wyspy: Honsiu, Hokkaidō, Kiusiu i Sikoku, które ciągną się łukiem z północnego wschodu na południowy zachód na długości 2200 km; ponadto w jej skład wchodzi prawie 4000 mniejszych wysp, spośród których największa Okinawa należy do archipelagu Riukiu (długość ok. 1200 km). Między Honsiu, Kiusiu i Sikoku rozciąga się Wewnętrzne Morze Japońskie. Wyspy Japońskie stanowią nadwodną część potężnego łańcucha górskiego, wznoszącego się z dna oceanu; w pobliżu podwodnego łańcucha wielkie głębie oceaniczne, m.in. Rów Japoński (głębokość do 8412 m). Fałdowo-zrębowa rzeźba wysp została uformowana głównie przez ruchy górotwórcze trwające od paleozoiku oraz towarzyszącą im po czasy współczesne silną aktywność wulkaniczną i sejsmiczną. Góry i wyżyny zajmują 87% powierzchni kraju. Liczne pasma górskie, odznaczające się z reguły południkowym przebiegiem, są najczęściej rozdzielone tektonicznymi kotlinami (tzw. bonchi, np. Kōfu-bonchi, Kōriyama-bonchi i Miyoshi-bonchi na Honsiu), wypełnionymi między innymi popiołami wulkanicznymi. Na terytorium Japonii znajduje się ok. 600 szczytów o wysokości przekraczającej 2000 m n.p.m.; wśród nich znaczna jest liczba stożków wulkanicznych powstałych głównie w trzeciorzędzie i czwartorzędzie. Taką genezę ma izolowany wulkan Fudżi (3776 m n.p.m. – najwyższy szczyt kraju) położony w środkowej części wyspy Honsiu, najaktywniejszej sejsmicznie strefie Japonii, obejmującej najwyższe góry oraz największą w kraju nizinę – Kantō. Główny system górski tego obszaru tworzą tzw. Alpy Japońskie, na które składają się trzy biegnące południkowo pasma: Hida, Kiso i Akaishi (Shirane-san, 3192 m n.p.m.). Nieco niższe łańcuchy gór Mikuni i Kantō (czynny wulkan Asama-yama, 2568 m n.p.m.), oddzielone od Alp Japońskich rozległym rowem tektonicznym, zwane Fossa Magna, opadają łagodnie na wschodzie ku nizinie Kantō. Północną część wyspy Honsiu przecina na długości 500 km najdłuższe pasmo górskie Japonii - Ōu-sanmyaku (Iwate-san, 2039 m n.p.m.), natomiast w jej zachodniej części rozciągają się aż po wybrzeża Morza Japońskiego zrębowe pasma gór Chūgoku (wysokość do 1339 m n.p.m.). W rzeźbie Hokkaidō wyróżniają się południkowo biegnące góry Kitami-sanchi oraz Hidaka-sanmyaku, połączone w środkowej części wyspy wulkaniczną grupą górską Daisetsu-san z najwyższym czynnym wulkanem Asahi-dake (2290 m n.p.m.). Większość powierzchni pozostałych wysp zajmują również góry; na Kiusiu wysokość pasm górskich dochodzi do 1788 m n.p.m. (Kujū-san), na Sikoku – do 1982 m n.p.m. (Ishizuchi-san). Na otoczonym rafami koralowymi archipelagu Riukiu występuje wiele czynnych i wygasłych wulkanów, z których najwyższym jest Nakano-shima (978 m n.p.m.). Obszary nizinne (ok. 13% powierzchni) zajmują głównie nabrzeżne części wysp, największe z nich – Kantō, Nōbi, Osaka, Ishikari, leżą w dawnych depresjach tektonicznych wypełnionych osadami morskimi i rzecznymi oraz popiołami wulkanicznymi. Są to z reguły regiony najwyższej koncentracji ludności i działalności gospodarczej, gdzie powstały wielkie zespoły miejsko-przemysłowe, a przede wszystkim największa i najludniejsza na świecie formacja osadnicza Megalopolis Nippon. Japonia jest położona w najbardziej sejsmicznej i wulkanicznej strefie Ziemi. Częste trzęsienia ziemi są w większości rezultatem aktywności tektonicznej i nierzadko przybierają charakter kataklizmu. Główne epicentra trzęsień ziemi znajdują się między północno-wschodnim wybrzeżem Honsiu a głębiami Rowu Japońskiego, gdzie hipocentra znajdują się na głębokości kilkuset i więcej m p.p.m.; drugi ważny obszar obejmuje nizina Kantō, Zatoka Tokijska i półwysep Kii-hankō. Tylko w okresie 1915-1975 zdarzyło się 40 katastrofalnych trzęsień ziemi, najtragiczniejsze w 1923 r. na nizinie Kantō pochłonęło ok. 140 tys. osób, trzęsienie ziemi w 1995 r. spowodowało śmierć ponad 5,5 tys. osób i zniszczyło miasto i port – Kōbe. Wielkim zagrożeniem dla Japonii, zwłaszcza jej wybrzeży, są też fale morskie (wysokość do 30-35 m) zwane tsunami, wywołane podmorskimi trzęsieniami ziemi. Spośród 160 wulkanów japońskich ponad 40 jest czynnych; do najaktywniejszych należą: Asama-yama i Bandai-san na Honsiu, Aso-san, Sakura-yama i Kirishima-yama na Kiusiu oraz Tokachi-dake i Shōwa-shin-san na Hokkaidō. Ze strefami wulkanicznymi są związane źródła mineralne, w większości termalne (ok. 15 tys.) wykorzystywane w znacznej mierze do celów balneologicznych; w najbardziej znanych uzdrowiskach – Beppu (północno- wschodnie Kiusiu), Atami (u nasady półwyspu Izu-hantō na Honsiu) i Noboribetsu (południowo-zachodnie Hokkaidō) występują liczne gejzery. Linia brzegowa Japonii jest silnie rozwinięta i należy do najdłuższych na świecie – długość ok. 30 tys. km. Wybrzeża wysp są w większości górzyste; typu riasowego z wieloma zatokami, półwyspami i niewielkimi wysepkami występują m.in. w zachodniej części Kiusiu, na Sikoku i nad Wewnętrznym Morzem Japońskim, typu klifowego – na wyspie Honsiu, a zwłaszcza na półwyspie Kii-hantō i na wschodzie wyspy oraz na Hokkaidō (półwysep Ōshima-hantō). Wybrzeża nizinne, pokryte osadami aluwialnymi, miejscami lagunowe i lagunowo-limanowe, są charakterystyczne dla północnego Honsiu oraz wschodniego i północno-zachodniego Hokkaidō. Część nizinnych wybrzeży jest sztucznie powiększana przez osuszanie dna morskiego i tworzenie polderów, np. w zatokach Osaka i Tokijskiej.

Klimat. Wyspy Japońskie leżą w 3 strefach klimatycznych: umiarkowanej ciepłej na północ od 38°N (Hokkaidō, północne Honsiu), podzwrotnikowej między 31-38°N (środkowe i południowe Honsiu, Sikoku, Kiusiu) i zwrotnikowej między 24-31°N (południowy skraj Kiusiu oraz Riukiu. Głównym czynnikiem kształtującym klimat Japonii jest monsunowa cyrkulacja mas powietrza, związana z panującymi układami barycznymi nad Azją i Oceanem Spokojnym. Suchy, północno-zachodni monsun zimowy, wiejący z Wyżu Azjatyckiego, przemieszczając się nad Morzem Japońskim nabiera wilgoci i przynosi wilgotne powietrze na wybrzeże Morza Japońskiego i północną Japonię; od października do marca-kwietnia występują tam obfite opady śniegu (pokrywa śnieżna utrzymuje się przez ok. 5 miesięcy) i pochmurna pogoda; w tym czasie wschodnia część wysp, osłonięta górami przed wpływem chłodnych mas powietrza z północnego zachodu, ma zimę łagodną i słoneczną. Napływ oceanicznego monsunu letniego z południowego wschodu (Wyż Hawajski), powoduje obfite opady deszczu, zwłaszcza na wybrzeżach południowych i w górach środkowego Honsiu. W okresie od sierpnia do października do wybrzeży Japonii, zwłaszcza południowej, docierają tajfuny (średnio 2-4 rocznie) z gwałtownymi ulewami powodującymi powodzie. Istotny wpływ na klimat wybrzeży pacyficznych mają też prądy morskie: na północy zimny Oja Siwo, na południu ciepły Kuro Siwo. Średnia roczna suma opadów wzrasta w kierunku południowym, od ok. 1000 mm na wschodnim Hokkaidō, do 2000 mm na wybrzeżu Morza Japońskiego i w górach środkowego Honsiu oraz na Kiusiu i Sikoku; najwyższe opady (ponad 3000 mm) otrzymuje archipelag Riukiu – na wyspie Yaku-shima aż do 3900 mm. Pora opadowa na południe od 35oN jest związana z monsunem południowo-wschodnim i trwa od połowy czerwca do połowy lipca, na północ od 35oN maksimum opadów przypada na wrzesień, natomiast na wybrzeżu Morza Japońskiego w grudniu; w południowej części wysp występują głównie opady deszczu , na północy obfite opady śniegu – na Hokkaidō grubość pokrywy śnieżnej dochodzi do 2 m. Dobowa suma opadów podczas tajfunów sięga nawet 250-400 mm. Pomimo znacznej rozciągłości południkowej zróżnicowanie temperatury w lecie, w odróżnieniu od zimy, jest niewielkie w związku z monsunem południowo-wschodnim i ocieplającym wpływem prądu Kuro-Siwo. Temperatura maksymalna w najcieplejszym miesiącu, sierpniu, wynosi od 20-22°C na Hokkaidō do 30-32°C na południu (w górach chłodniej, w najwyższym piętrze Fudżi 14°C); minimalna odpowiednio od 14-17°C do 22-23°C, a na Fudżi 3°C. W półroczu zimowym na Hokkaidō i w północnym Honsiu utrzymuje się ujemna temperatura, na Hokkaidō do -9°C (skrajnie do -41°C) w styczniu, lutym; na pozostałym obszarze, poza wysokimi górami, temperatura minimalna jest dodatnia, najwyższa (6-8°C) na południowych wybrzeżach wysp Honsiu, Kiusiu i Riukiu, w szczytowej partii Fudżi spada do -22°C; temperatura maksymalna w zimie zmienia się od -3°C, -6°C na Hokkaidō i w północnym Honsiu do 8-12°C na południu Honsiu i Kiusiu. Na zawietrznej stronie gór Honsiu i Kiusiu, osłoniętej przed wpływami monsunu zimowego, temperatura jest znacznie wyższa – maksymalna od 1-2°C na wysokości 1000 m n.p.m. do -4°²C na 2000 m n.p.m. i -16°C na Fudżi (3776 m n.p.m.).

Wody. Silnie urozmaicona rzeźba, wydłużony kształt wysp oraz wilgotny klimat sprawiają, że Japonia ma gęstą sieć krótkich, zasobnych w wodę rzek o bardzo dużych spadkach z licznymi wodospadami. Niemal 65% terytorium należy do zlewiska otwartego Oceanu Spokojnego, 30% do zlewiska Morza Japońskiego, pozostałe 5% powierzchni odwadniają rzeki uchodzące do Morza Ochockiego oraz Morza Wschodniochińskiego. Długość zaledwie 9 rzek przekracza 2000 km, najdłuższe to: Shinano (367km) i Tone (322 km) na wyspie Honsiu oraz Ishikari (268 km) na Hokkaidō. Rzeki japońskie wykazują znaczne zróżnicowanie wielkości przepływu; na rzekach w zachodnim Hokkaidō i północno-zachodnim Honsiu najwyższe stany wód występują wiosną podczas topnienia śniegów, na pozostałym obszarze są związane z letnimi opadami monsunowymi i nawalnymi towarzyszącymi tajfunom na jesieni. Gwałtowne przybory wód w rzekach są przyczyną wielu powodzi, często katastrofalnych, głównie w ich dolnych odcinkach. Rzeki są powszechnie wykorzystywane w energetyce oraz do nawadniania, tylko nieliczne nadają się do żeglugi; ich energetyczny potencjał jest szacowany na ok. 25 mln kW. W Japonii występuje ponad 600 jezior o różnej genezie i łącznej powierzchni ok. 3000 km². Najliczniej reprezentowane są jeziora pochodzenia wulkanicznego, głównie kraterowe (Okama) i kalderowe (Shikotsu, Tōya, Towada, Tazawa. Z działalnością wulkaniczną są również związane jeziora zaporowe, powstałe w wyniku przegrodzenia dolin rzecznych potokami lawowymi, zespół pięciu najsłynniejszych tego typu jezior jest położony na północnych zboczach Fudżi. Do jezior pochodzenia tektonicznego należy największe w kraju jezioro Biwako (674 km²), które zajmuje dno zapadliska tektonicznego. Na wybrzeżach występują jeziora lagunowe, np. Soroma na Hokkaidō, Kita-ura na nizinie Kantō. Na nizinach wybrzeży jest wiele jezior powstałych w wyniku erozyjno-akumulacyjnej działalności rzek, związanej z wielkimi powodziami, m.in. Kasumigaura-ura na nizinie Kantō. Największe zasoby wód gruntowych o charakterze basenów artezyjskich zalegają na głębokości 200-300 m na nizinach: Kantō, Nōbi, Osaka i Ishikari.