Ukształtowanie powierzchni. Kraj górzysto-wyżynny z trzema głównymi jednostkami fizyczno-geograficznymi: Alpy, zajmujące 60% powierzchni kraju, Wyżyna Szwajcarska (30%) i góry Jura (10%). W południowej i środkowej części Szwajcarii rozciągają się pasma górskie Alp, głównie Alp Zachodnich, w skład których wchodzą m.in.: Alpy Pennińskie z najwyższym szczytem kraju Dufour (4634 m n.p.m.) w masywie Monte Rosa i powszechnie znanym szczytem Matterhorn (4478 m n.p.m.), Alpy Lepontyńskie (Monte Leone, 3553 m n.p.m.), Berneńskie (Frinsteraarhorn, 4274 m n.p.m.), Glarneńskie (Tödi, 3614 m n.p.m.), fragment masywu Mont Blanc i Alp Sabaudzkich (graniczne z Francją) oraz zaliczane do Alp Wschodnich – Alpy Retyckie (Piz Bernina, 4049 m n.p.m.). Pasma górskie Alp są rozdzielone głęboko wciętymi dolinami rzek, m.in. Renu, Aare, Rodanu, Reuss, oraz licznymi przełęczami, które umożliwiają komunikację, m.in.: Wielka Przełęcz Św. Bernarda (na wysokości 2469 m n.p.m.), Furkappas (2431 m n.p.m.), Albulapass (2312 m n.p.m.), Splügenpass (2113 m n.p.m.), Simplonpass (2005 m n.p.m.), Św. Gotharda (2108 m n.p.m.). Alpy obniżają się w kierunku północno-zachodnim i poprzez przedgórza (m.in. Prealpy Fryburskie) przechodzą w Wyżynę Szwajcarską, rozciągającą się na wysokości 400-500, maksymalnie 1408 m n.p.m., o powierzchni łagodnie pofalowanej, poprzecinanej wąwozami i dolinami rzek. Wzdłuż granicy z Francją ciągną się wapienne góry Jura (Mont Tendre, 1679 m n.p.m.). Około 1/5 powierzchni kraju stanowią obszary krasowe zbudowane głównie z wapieni i dolomitów mezozoicznych; tworzą dwa wielkie wyraźne równoległe pasy, jeden w górach Jura, drugi, większy, obejmuje Prealpy Fryburskie, Alpy Berneńskie i Alpy Glarneńskie. Ponadto obszary krasowe znajdują się w Alpach Retyckich i w okolicach Lago Lugano; we wschodniej Jurze, w dolinie Rodanu i Prealpach Fryburskich występują niewielkie obszary krasu gipsowego. Duże podziemne przepływy (w tym przepływ o największej w Europie stwierdzonej deniwelacji, 2200 m, między Gouffre du Grand Cor a wywierzyskiem La Sarva w dolinie Rodanu). Wody krasowe w niektórych regionach mają duże znaczenie gospodarcze, np. w kantonie Neuchâtel dostarczają ponad 60% wody, w niektórych miastach (np. Le Chaux-de-Fond) – 100 %. Spotyka się źródła wód termalnych głębokiego krążenia, np. ze źródła w gipsach w Leukerbad wypływa woda o temperaturze 51°C. W Szwajcarii jest znanych ponad 7,5 tys. jaskiń o łącznej długości przeszło 1200 km; miejscami znajdują się ich wielkie skupienia: w masywie Innerbergli w pobliżu Thuner See rekordowy w świecie stopień koncentracji jaskiń – 452 jaskinie na powierzchni 0,35 km² (gęstość 1290 jaskiń/km²). Największymi jaskiniami w Szwajcarii są: Hölloch (długość 184 km) i najgłębsza (1340 m) Sieben Hengste-Hohgant Höhlensystem (długość 145 km); występują także jaskinie podwodne – najdłuższa (1,92 km Rinquelle w pobliżu Wallensee, najgłębsza (poznana do głębokości 140 m) Émergance de la Chaudanne. Liczne są jaskinie lodowe (największa – Glacière de Monlési w górach Jura), a w dolinie Rodanu, zwłaszcza między Sionem a Sierre – gipsowe (najdłuższa 1,5 km, Grotte de la Crête de Vaas, deniwelacja 60 m). W niektórych lodowcach spotyka się jaskinie lodowcowe, są to głównie tzw. młyny lodowcowe o głębokości 100 m; największa – Grotte del Bue Azzuro w Oberaletschgletscher (długość 400 m). Nieliczne są jaskinie pierwotne – największa to Höllgrotten koło Baar, utworzona w martwicach wapiennych. Kilka jaskiń jest udostępnionych turystom; najbardziej znane: Beatushöhle, Lac souterrain de Saint-Léonard (jezioro długości 231 m, jedno z najdłuższych jezior jaskiniowych w Europie), Höllgrotten (udostępniona od 1887 r.), Grotte de Réclère, Grotte de Milandre, Grotte de Vallorbe, także część jaskini Hölloch.

Klimat. Południowa strona Alp ma wyżynny i górski klimat podzwrotnikowy, pośredni między morskim i kontynentalnym; w Lugano temperatura maksymalna od 6°C w styczniu do 25°C w lipcu, minimalna odpowiednio od 0°C do 16°C; roczna suma opadów 1600 mm, większość spada od marca do listopada. Pozostała część kraju ma klimat umiarkowany ciepły; północno-zachodnia strona Jury, wyższe partie Wyżyny Szwajcarskiej i Alpy Berneńskie – morski, dolina Aare i niższe partie wyżyny – klimat przejściowy między morskim a kontynentalnym. W Alpach klimat górski z silnie zaznaczoną piętowością termiczną. Temperatura maksymalna w styczniu od 3°C w okolicach Genewy, 1-2°C na Wyżynie Szwajcarskiej, do -5°C w Säntis (wysokość 2500 m n.p.m.); temperatura minimalna odpowiednio od -2°C, -4°C do -11°C. Temperatura maksymalna w lipcu w okolicach Genewy 25°C, na Wyżynie Szwajcarskiej 22°C, w Säntis 7°C, minimalna w okolicach Genewy i Zurychu 12°C, w Säntis 2°C. Roczna suma opadów po zachodniej stronie Jury 1800-2200 mm, po wschodniej stronie ok. 1000 mm; w dolinie Rodanu, w kantonie Valais ok. 500 mm; w Alpach Berneńskich i Pennińskich 3500-4000 mm (w Säntis 2900 mm); większość opadów od marca-kwietnia do września-listopada, na dużych wysokościach – w zimie. Granica wiecznego śniegu na wysokości 2500-3000 m n.p.m.; powyżej 1800 m n.p.m. pokrywa śnieżna zalega do końca września; trwałość pokrywy śnieżnej jest zależna od warunków lokalnych (wysokość, ekspozycja), np. w Altdorfie ok. 40 dni, w Davos ok. 170 dni.

Wody. Sieć rzeczna kraju należy do zlewiska czterech mórz: Północnego (Ren z dopływami), Śródziemnego (Rodan), Czarnego (Inn – dopływ Dunaju) i Adriatyckiego (dopływy Padu). Największe rzeki: Ren (odwadniający ok. 68% powierzchni, 375 km długości w granicach kraju), Rodan (ok. 18%, 264 km długości w granicach kraju), Inn (104 km), Ticino (91 km), Aare (295 km) oraz Sarine, Reuss i Thur. Rzeki mają duże spadki (są wykorzystywane w hydroenergetyce), często z licznymi progami i wodospadami dochodzącymi do 300 m; największe – wodospady Giessbach. Liczne jeziora polodowcowe i tektoniczne; największe Genewskie (graniczne z Francją, o powierzchni 581 km²), Bodeńskie (graniczne z Niemcami i Austrią, 538 km²), Lac de Neuchâtel (218 km²), Lago Maggiore (graniczne z Włochami, którego północny brzeg jest położony na najniższej wysokości w kraju (193 m n.p.m.), Czterech Kantonów (114 km²), Zürichsee (90 km²), Lago Lugano (49 km², graniczne z Włochami). Liczne źródła mineralne. W górach lodowce o  łącznej powierzchni ok. 2 tys. km², w tym największy w Europie Aletsch.