Ukształtowanie powierzchni. Większość wysp ma urozmaiconą linię brzegową, z wieloma zatokami i morzami wewnętrznymi, zaliczanymi do Oceanu Spokojnego: Sumatra od Półwyspu Malajskiego jest oddzielona cieśniną Malakka, od Jawy – Sundajską; Borneo od Celebesu – Cieśniną Makasarską, od Jawy – Morzem Jawajskim; od zachodu i południa – Wielkie Wyspy Sundajskie otacza Ocean Indyjski. Równolegle do zachodniego wybrzeża Sumatry ciągnie się archipelag Kepulaun Mentawai, a po jej wschodniej stronie są położone wyspy Pulau Bangka, Pulau Belitung i Pulau Riau; od północnego wschodu z Jawą sąsiaduje wyspa Pulau Madura. Najbardziej rozbudowaną linię brzegową ma Celebes – cztery duże półwyspy rozdzielone zatokami; od Małych Wysp Sundajskich oddziela go morze Flores, od Moluków morza Moluckie i Banda, od Filipin – morze Celebes. Małe Wyspy Sundajskie, z których największe to: Bali, Lombok, Sumbawa, Sumba, Flores i Timor, od południa są oblewane przez Ocean Indyjski (w części przez morze Timor). Największymi wyspami archipelagu Moluków są Halmahera, Seram, Buru, Morotai. Moluki od nowogwinejskiego półwyspu Ptasia Głowa oddzielają morza Seram i Halmahera. Prowincję Papua, na Nowej Gwinei, od północy oblewa Ocean Spokojny, od południa – morze Arafura. Wybrzeża zachodniej Sumatry, południowej Jawy i wielu mniejszych wysp są klifowe; wschodniej Sumatry, południowego Borneo i Papui – niskie, porośnięte namorzynami. Rafy koralowe otaczają większość wysp archipelagu Moluków, wschodniego i północnego Celebes, niektóre z Małych Wysp Sundajskich oraz archipelagi Riau i Mentawai. Rzeźba większości wysp jest urozmaicona; występuje duża aktywność sejsmiczna i wulkaniczna. Spośród ponad 330 wulkanów 27 uważa się za czynne (w tym 16 na Jawie i 9 na Sumatrze). Erupcje Tambory (1815 r.) i Karakatau (1883 r., ok. 40 tys. ofiar śmiertelnych) są uznawane za największe w czasach historycznych. Wzdłuż zachodniego wybrzeża Sumatry ciągną się góry Pegunungan Barisan (wulkan Kerinci, 3805 m n.p.m.); krajobraz Jawy kształtują, rozdzielone dolinami rzek, masywy i płaskowyże wulkaniczne. Charakterystycznym elementem rzeźby Małych Wysp Sundajskich są wulkany, m.in.: Agung (3142 m n.p.m.) na Bali i Ranakah (2400 m n.p.m.) na Flores. Na zachodnim Borneo zachowały się części starych masywów krystalicznych; wzdłuż granicy z Malezją oraz równolegle do wschodnich wybrzeży ciągną się, zbudowane z granitów i wapieni, góry fałdowe; na Celebesie kształtują krajobraz wnętrza wyspy oraz półwyspów: południowo-wschodniego, wschodniego i północnego; ich kontynuacją ku wschodowi są wzniesienia Moluków. Środkową część prowincji Papua zajmują Góry Śnieżne, z najwyższym szczytem Puncak Jaya (5030 m n.p.m.), północno-zachodnią – góry na półwyspie Ptasia Głowa. Rozległe zabagnione niziny obejmują wschodnią Sumatrę wraz z przyległymi wyspami, południowe Borneo i południową Papuę; mniejsze równiny aluwialne – północną Jawę i półwysep południowy na Celebesie.

Klimat. Indonezja ma monsunowy klimat równikowy, w większości wybitnie wilgotny, w górach występuje jako górska odmiana; na wschodniej Jawie i Małych Wyspach Sundajskich oraz w południowej Papui – wilgotny. Cyrkulacja atmosferyczna nad Indonezją jest związana z sezonowo zmieniającymi się ośrodkami ciśnienia nad Azją i Australią oraz stałymi wyżami nad oceanami. Różnica ciśnienia nad kontynentami powoduje, że znad Azji w styczniu (Wyż Azjatycki) wieją wiatry północno-wschodnie i północne, zmieniające się nad równikiem na północno-zachodnie i zachodnie. W lipcu (Wyż Australijski) wiatry wiejące znad Australii mają początkowo kierunek południowo-wschodni, następnie południowy i południowo-zachodni. Z północnego wschodu i północy w zimie wieje wilgotny monsun, a czasami suchszy od niego pasat, który zaczyna oddziaływać już w październiku; w zachodniej Indonezji ma kierunek północny (znad Półwyspu Indochińskiego), we wschodniej – północno-wschodni (znad Oceanu Spokojnego), najbardziej intensywny w styczniu. Na przełomie marca i kwietnia monsun zimowy zanika. Letni monsun południowo-zachodni (bardzo wilgotny) jest uwilgotnionym pasatem Wyżu Południowoindyjskiego, który po przejściu przez równik odchyla się w kierunku Indonezji. Do Małych Wysp Sundajskich dochodzi suchsze powietrze australijskie. Cyrkulacja wiosną i jesienią jest bardziej złożona. Strefa konwergencji międzyzwrotnikowej nad Indonezją przemieszcza się dwukrotnie: nad Sumatrą, Borneo i Celebesem w kwietniu i na przełomie października i listopada, nad Nową Gwineą w kwietniu i na przełomie listopada i grudnia. Po zawietrznej stronie gór, zwłaszcza przy wiatrach północno-wschodnich, występują silne feny. Na wybrzeżach powstaje cyrkulacja bryzowa. Zróżnicowanie termiczne zależy głównie od wyniesienia nad poziom morza, na nizinach temperatura maksymalna sięga 30-33°C, minimalna 22-24°C. Na wysokości 1200-1400 m n.p.m., odpowiednio 22-24°C i 14-17°C. W górach powyżej 2000-3000 m n.p.m. raz na kilka lat zdarzają się przymrozki; na górze Puncak Jaya (5030 m n.p.m.) -5°C, opady śniegu. Średnia roczna suma opadów 1500-3500 mm, zdarzają się też opady ponad 4000 mm, m.in. w rejonie Padangu, na Sumatrze, a także powyżej 6000-7000 mm, m.in. w prowincji Papua. Mało deszczu, poniżej 1000 mm, spada w osłoniętych od obu monsunów miejscach na Celebesie, na wschodniej Jawie i Małych Wyspach Sundajskich; zaznacza się pora bezdeszczowa. Na pozostałych obszarach deszcze są całoroczne, z dwoma zwyżkami (marzec-maj i październik-grudzień); najczęściej padają po południu. Choć noce są bardzo ciepłe, to przy pogodnym niebie ogromna zawartość pary wodnej w powietrzu sprzyja tworzeniu się rosy (150-200 dni w roku). Na zabagnionych obszarach Sumatry, Borneo i Nowej Gwinei, nad dużymi rzekami, na płaskowyżach i w dolinach górskich powstaje mgła (50-170 dni w roku).

Wody. Większość rzek Indonezji jest zasilana deszczami i zasobna w wodę. Najbardziej rozbudowaną sieć rzeczną ma Borneo, gdzie z górzystego wnętrza wyspy rzeki spływają promieniście do mórz: Jawajskiego (Katingan, Barito), Celebes (Kajan) i Południowochińskiego (Kapuas, długość 1150 km), oraz prowincja Papua (Digul, Baliem, Mamberamo). Większe cieki Sumatry odprowadzają wody z gór Pegunungan Barisan ku cieśninie Malakka (Rokan, Kampar) i Morzu Jawajskiemu (Musi i Hari). Najdłuższą rzeką Jawy jest Solo. Nieliczne jeziora są najczęściej pochodzenia tektonicznego lub wulkanicznego; największe – Toba (1,9 tys. km²) wypełnia rozległą kalderę na północy Sumatry. We wschodniej Sumatrze oraz w południowych częściach Borneo i prowincji Papua występują rozległe bagna; w Górach Śnieżnych w Papui – dwa małe lodowce: Meren i Carstensz.