Ukształtowanie powierzchni. Wybrzeże Morza Śródziemnego o długości 1000 km jest płaskie, piaszczyste, ma wyrównaną linię brzegową. Bardziej urozmaicone jest wybrzeże Morza Czerwonego (długość 1450 km), zwłaszcza w części północnej i południowej, gdzie wzdłuż brzegów ciągną się rafy koralowe uznawane za jedne z piękniejszych na świecie. Na trudno dostępnym skalistym wybrzeżu półwyspu Synaj miejscami granitowe góry schodzą wprost do Morza Czerwonego. W Egipcie wyróżnia się 4 krainy fizyczno-geograficzne: dolinę Nilu z deltą, Pustynię Libijską (Zachodnią), Pustynię Arabską (Wschodnią) i półwysep Synaj. Najważniejszym regionem kraju jest dolina i delta Nilu, zajmujące zaledwie 3% powierzchni kraju. Obszar ten pokryty grubą warstwą osadów aluwialnych, intensywnie akumulowanych do czasów powstania Wielkiej Tamy zatrzymującej większość osadów, stanowi wielką i żyzną oazę wśród rozległych terenów pustynnych; przeciętna szerokość doliny wynosi od 2-5 km na południu do 15-20 km pod Kairem, a jej długość od granicy sudańskiej do delty (północne przedmieścia Kairu) wynosi ponad 1000 km. Obszar delty o powierzchni 22 tys. km² przecinają dwa główne ramiona Nilu: wschodnia Damietta (długość 245 km) i zachodnia Rosetta (239 km) oraz liczne mniejsze i łączące je kanały; w strefie nadmorskiej występują jeziora lagunowe. W przeszłości region dolny i delty Nilu dzielono na Górny Egipt, rozciągający się od granicy sudańskiej po Kair i Dolny Egipt, położony na północ od Kairu. Pustynia Libijska obejmuje ok. 60% powierzchni kraju; jej wyżynna powierzchnia (wysokość 200-500 m n.p.m.) jest lekko nachylona ku północy, na południowym zachodzie występuje rozległy płaskowyż Dżilf al-Kabir (wysokość do 1064 m n.p.m.). Na północy i wschodzie znajdują się liczne obniżenia deflacyjne uwarunkowane tektonicznie; największe, zapadlisko Munhafad al-Qattāra stanowi wielką depresję, w której najniższy punkt leży na wysokości 133 m p.p.m.; większość pozostałych zagłębień zajmują oazy: na wschodzie Charga, Ad-Dachila, Qaṣr al-Farafira, w części północnej Al-Bahrija i Sīwa oraz najbardziej wysunięte na północny wschód, blisko doliny Nilu, oazy Fajum i Wadi Natrun. Główny pas oaz, ciągnący się od Chargi do Sīwy, tworzy region zwany Nową Doliną. Serię obniżeń na północno-zachodnim krańcu kraju, zamyka wznosząca się do 200 m n.p.m. Wyżyna Libijska, zbudowana głównie ze skał wapiennych. Pustynia Arabska (25% powierzchni kraju) jest położona na wschodzie między Nilem a Morzem Czerwonym, na południu przechodzi w Pustynię Nubijską. Większą część powierzchni pustyni stanowi skalisty płaskowyż (wysokość do 500 m n.p.m.) zbudowany z poziomo zalegających wapieni i czerwonych piaskowców nubijskich, głównie jurajskich i kredowych, który na północy opada stromym progiem do delty Nilu, a na zachodzie wyraźnymi stopniami do doliny Nilu. Półwysep Synaj jest strukturalnym przedłużeniem Pustyni Arabskiej, od delty Nilu oddziela go Kanał Sueski. Większą część jego powierzchni zajmuje wyżyna; na górzystym południu wznosi się Góra Św. Katarzyny (2637 m n.p.m.), która jest najwyższym szczytem kraju. Na północy i zachodzie Półwyspu, wzdłuż wybrzeża, występują piaszczyste niziny nadmorskie.

Klimat. Warunki klimatyczne Egiptu są zależne od położenia w zwrotnikowych szerokościach geograficznych, odznaczających się skrajną suchością. Cyrkulacja atmosferyczna w zimie jest tu związana z obecnością klinów Wyżu Azorskiego, Wyżu Bałkańskiego oraz niżów śródziemnomorskich; dominują wiatry północne. Największe zaburzenia pogody łączą się z rzadkimi niżami śródziemnomorskimi, którym towarzyszą silne burze pyłowe. Podobnie jest przy niżach saharyjskich, powodujących gwałtowne wiatry pustynne (chamsin), występujące 4-6 razy (prze 2-3 dni) w ciągu 50 dni po równonocy wiosennej, na obszarze od Sudanu aż po deltę Nilu. Cyrkulacja i pogoda letnia są związane z klinami wyżów Azorskiego i Bałkańskiego oraz Niżem Azjatyckim. W styczniu temperatura maksymalna zmienia się od 18°C nad Morzem Śródziemnym do 22°C na południu i 21-22°C nad Morzem Czerwonym oraz 14°C na Górze Św. Katarzyny (na wysokości 1500 m n.p.m.); w lipcu temperatura maksymalna kształtuje się od 29-30°C (sporadycznie 45°C) nad M. Śródziemnym do 40-41°C (sporadycznie 50°C) na południu i 32-33°C nad M. Czerwonym. Temperatura minimalna w styczniu nad M. Śródziemnym osiąga 9-11°C (skrajnie 1-2°C), nad Morzem Czerwonym od 6°C na północy do 14°C na południu, na pozostałym obszarze 5-10°C (zdarzają się temperatury ujemne do -4°C), na Górze Św. Katarzyny 2°C. W lipcu, na północy temperatura minimalna wynosi 21-24°C, nad Morzem Czerwonym 26°C, na Górze Św. Katarzyny 17°C. Obszary pustynne charakteryzuje duża dobowa amplituda temperatury, przez cały rok przekracza ona kilkanaście stopni; na wybrzeżach, zwłaszcza M. Czerwonego, amplituda jest znacznie mniejsza, poniżej 9°C. Wilgotność powietrza z powodu nikłego parowania jest bardzo mała; podczas burz pyłowych wilgotność względna czasem obniża się do 1-3%; najwilgotniejsze, zwłaszcza zimą, jest wybrzeże Morza Śródziemnego. Z małą wilgotnością i zachmurzeniem wiążą się niskie opady, najmniejsze występują na pustyniach, gdzie roczna ich suma nie przekracza 10 mm; największe, pochodzenia cyklonicznego, na wybrzeżu M. Śródziemnego wynoszą 140-190 mm rocznie w jego zachodniej części i 80 mm we wschodniej. Opady mają charakter ulew, zdarzają się epizodycznie i są bardzo zmienne w poszczególnych latach. Najlepsze miesiące na zwiedzanie Egiptu to okres zimowy od listopada do końca lutego, kiedy jest słonecznie przy niewielkich opadach deszczu na północy (Aleksandria, Kair) oraz sucho bez upałów na południu (Luksor, Asuan).

Wody. W Egipcie, poza Nilem brak jest stałych rzek, natomiast wykształciły się charakterystyczne dla obszarów pustynnych suche doliny – wadi. Najgęstszą sieć tworzą wadi na Pustyni Arabskiej, którymi spływa woda do Nilu podczas sporadycznych opadów. Nil w granicach Egiptu na długości ponad 1200 km nie otrzymuje żadnego dopływu, jest zasilany przez opady występujące w górnej części dorzecza, poza terytorium kraju. Jego reżim hydrologiczny jest uzależniony przede wszystkim od warunków panujących w dorzeczu Nilu Błękitnego i Aṭbary. Wahania stanów wody w ciągu roku przed powstaniem Wielkiej Tamy były znaczne, pod Kairem dochodziły do 9 m. Wysokie stany wody utrzymywały się zazwyczaj od sierpnia do grudnia, maksimum osiągały we wrześniu. Zasadnicze zmiany w reżimie rzeki spowodowały liczne stopnie wodne (głównie w delcie) i zbiorniki retencyjne, zwłaszcza Jezioro Nasera (Hydrowęzeł Asuański), budowane od XIX w. Przepływ Nilu jest całkowicie kontrolowany, niebezpieczeństwo powodzi na obszarze Egiptu zlikwidowała całkowicie Wielka Tama (zbudowana w 1970 r.); cała fala powodziowa jest zatrzymywana w Jeziorze Nasera, w którym można zretencjonować masę wodną równą prawie 2-letniemu odpływowi rzeki pod Asuanem. Jezioro Nasera gromadzi ponadto wielką ilość osadów transportowanych przez rzekę (do 130 mln ton na granicy z Sudanem), które wcześniej użyźniały pola w dolinie i delcie Nilu, a obecnie wypełniają zbiornik skracając jego żywotność. Na obszarze delty, w części nadbrzeżnej, występują odcięte od morza mierzejami jeziora lagunowe: Al-Manzila, Burullus, Idku i Marjut. Egipt dysponuje znacznymi zasobami wód podziemnych występujących głównie w dolinie i delcie Nilu. Wody podziemne są zasilane przez sam Nil i dopływ z terenów otaczających dolinę; ok. 7% rocznego przepływu rzeki jest magazynowane w aluwiach, a dopływ podziemny wynosi średnio 18,5 m³/s. Mimo podjętej już w starożytności eksploatacji, stopień wykorzystania zasobów wód podziemnych jest jednak wciąż niewielki. Przeszkodę przy ich wykorzystywaniu stanowi głównie ich temperatura, przekraczająca w najgłębszych warstwach 40°C, co wymaga schładzania przed nawadnianiem.